。黄明远先从军医营的开始改革。
事实上，在此之前的魏晋时期已经有成编制的军医出现了，《太平御览》中记载晋朝刘德“官至太医校尉”；《资治通鉴·晋纪》中记有晋武帝时程据为太医司马，还有金疮医和折伤医等等很多名目。至于类似军医的组织更是从春秋战国就开始了。
而对前世历史知之甚祥的黄明远，很明白军医对于军队的意义。一些得到有效救助并能够重返战场的士兵一般会成为一支军队的核心力量。抗战时期国民党军就曾将一批重返战场的部队组建成荣誉1师，这支部队后来迅速成为正面战场上一支有生力量。军医对士兵来说不仅仅是救助他们的肉体，更是带给他们活的希望，带给他们向前战斗的勇气。
原来的大同城也有几名巫医之流，黄明远将其中滥竽充数的人物全部遣散，并强制将全城的医生聚集入军营中，然后挑选了一批干净、勤快、机灵的年轻役夫充入军医营中做学徒和护士，作为中坚力量。
同时在每营设有“检校病儿官”，每日巡查伤病员情况和饮食起居，以便安排医疗和后送，各营的辅兵中也专门抽调人员组成担架队，便于战地救护。
军医营内成立了卫生宪兵，各营都宣告了新的卫生条例，禁止随地便溺，定时洗涮衣物，定时撒石灰消毒，改革厕所的建造与使用······一系列强制措施实行下，各营很快卫生条件有了很大改善。
对于军医兵，黄明远也亲自撰写规范，主动教授卫生人员战地救护、消毒知识，并使用后世白色为军医兵制作制服，一时之间整个军医营内白衣如雪，焕然一新。
事实上，很多战争中，士兵真正死亡的原因是战场外感染疾病及在战场上受伤后没有适当的护理而伤重致死，真正当场死在战场上的人反而不多。当年南丁格尔在克里米亚战争中仅仅半年左右的时间就让伤病员的死亡率下降到2.2%，而在他之前伤兵有一半能活下就谢天谢地了。黄明远并不需要军医营的人有多高明的医术，在这个生病了都要靠神鬼的年代这也不现实，但他希望通过军医兵的细心呵护，将受伤士卒高居不下的死亡率降下来。