自从幽灵号战役之后，宇宙也终于是迎来了较长时间的安定。
这段时间里，海盗蛰伏起来，完全收缩了扩散在外的势力，让那些被海盗荼毒的星球几乎喘息，重新回到最初的生活状态。
但那些海盗工业留下的“伤痕”几乎永久性的留在了那些星球上，至少不是短时间之内能够恢复的了。
而在这次战役中，做出了“巨大贡献”的阿格里，因为在强磁环境下过载运行，芯片差点当场烧坏。。。不过或许是因为基于贾斯汀的同类型芯片制造的缘故，芯片才没有真正意义上的报废。
虽然需要一定的修缮，但多少也算是让他们看到了一点点修复的希望。
这个做出了重大牺牲的战士，并不会就这样彻底离开他们。虽然修好也需要很长一段时间便是了。
这一修，就是三年。
这三年里，他们小队的五神装甲最终宣布报废，在赛尔号的大多数领导层人物获得装甲升级的同时，他们的装甲也得到了升级。
瑞格和辛迪，在这次战斗之中，遭到了一定的创伤，或许已经不再适合参与战斗了，并由于他们类型合适，功勋充足，被调回了地球。
获得了无尽能源，重新焕发出生机和动力的地球，为了纪念赛尔号做出的卓越贡献，地球方决定制造更多的赛尔号，先后去探索更为广阔的宇宙，而瑞格和辛迪，便是被派回去参加新赛尔号的船长的训练。
而龙和辰在被修好，并穿上了全新的装备之后，便开始继续执行任务了。
赛尔号在航行的过程中发现了时空裂缝，到达了一个叫做“摩尔庄园”的地方，并带回来了名叫嘟咕噜和嘟噜噜的神奇生物，在到达宇宙之后，成功的变异成为了新的精灵。
而辰，则前去调查时空裂缝的原理等信息了。
另外，还有一条更为重磅的消息。
第一位他们之前只曾听闻过的传说中的星系守护神，帕诺星系守护神玄武巴斯特，苏醒了。
巴斯特的苏醒给宇宙带来了更多的变化，包括但不限于：双属性的精灵开始出现。
后面再有赛尔前往阿格里曾经到达过的月影花园的时候，他们发现了第一只双属性精灵，水与暗影系精灵，鲁迪，鲁尔蒂尼。
斯诺星的各个地方，都出现了雷击枯石现象，而一种火与电属性的精灵也在这次异变之中诞生，洛森个，亚格洛。
其他的双属性精灵还有草与